微生物是生物界的一個重要類群，是一種重要的生物資源。環境微生物資源極為豐富，種類多樣，在生物界，種一下分化zui多的生物就是微生物。他們在自然界的物質循環和轉化中起著極為重要的作用，不僅維持著生物圈的生態平衡，而且維持著地球系統的物質平衡。這其中一個zui典型的作用就是環境微生物的生物降解作用，生物降解作用即發生在水圈，巖石圈，也發生在大氣中，甚至在生物體內也是zui常見的。
　　
　　隨著工業的發展和人口的急劇膨脹，排放進入環境的各種污染物質不斷增加，而且污染物的性質變化多樣，為了削減所排放的污染物，采用微生物治理的方法越來越多，除了在環境治理工程中廣泛采用微生物方法以外，一些非工程的措施也會通過微生物的作用獲得有效效果。
　　
　　因此，對于環境微生物的研究日益興旺。各種有關環境微生物的研究使得人類有機會更深入的認識環境微生物，發現更有益的種類和生物功能。
　　
　　自然環境中存在的微生物在接納各種各樣的環境污染物之前是以穩定的自然群落，污染物質的大量進入。必然引起這個自然群落的大變動。首先是一些不適應污染物的微生物種類從環境中消失，原有自然環境中的微生物種群將被新的適應污染環境的微生物種群所取代，種群間的數量結構也發生變化。其次，進入環境中的污染物質可以誘導微生物物種發生變異，使微生物物種的*質粒轉移或產生新的致粒，從而誘導出對污染物質具有更強的耐受能力和分解能力的微生物新物種，或者更加豐富多樣的變異菌株，使微生物群落更具有高的多樣性。