全國的工業污染已經開始得到有效控制。到2000年底，全國所有工業污染源都將實現達標排放。城市污水處理正在逐步加快步伐。但是，農村經濟發展帶來的農藥、化肥、畜禽養殖污染量大面廣，有一定治理難度。從50年代到90年代，我國農藥施用量增加近100倍，成為世界上農藥用量zui大的國家。我國每年因農藥中毒的人數占世界同類事故中毒人數的50%。而且由于農藥的大量流失，造成嚴重的水體污染。全國化肥使用量也在成倍增加。1995年是1978年的4倍。目前，偏施化學氮肥，使氮、磷、鉀比例失調現象比較嚴重。而且化肥的利用率只有30%左右，大量化肥流失，進入河流、海洋、湖泊，成為水體面源污染的主要來源。同時，由于大量化肥的使用，農村畜禽糞便的農業利用減少，畜禽業的集約化程度提高，加重了養殖業與種植業的脫節。畜禽糞便的還田率只有30%多，大部分未被利用。1998年全國畜禽糞便產生量是當年全國工業固體廢物產生量的3.4倍。這些畜禽糞便大部分未經處理直接排入江河湖海。同時，作為農村經濟的重要組成部分，鄉鎮企業的發展也一直是困擾農村環境的一大難題。據1991年和1997年兩次全國鄉鎮工業污染源調查，鄉鎮工業二氧化硫、煙塵、化學耗氧量和固體廢物排放量分別增長了22.6%、56.5%、246.6%和552%；在全國主要工業污染物排放總量有所控制的情況下，鄉鎮企業排污量卻在增長，這將對水環境構成嚴重威脅。